در گلخانه با توجه به شرایطی که دارد می توان کیفیت و امنیت گوجه فرنگی را در تولید افزایش داد .
مصرف کود های شیمیایی سبب افزایش کمی در تولید گوجه فرنگی می شود ولی از نظر امنیت و سلامتی ، میوه آن مورد خطر قرار می گیرد .
علاوه بر مصرف کود ، ممکن است کشاورزی به علت عدم آگاهی و شناخت ، از کود هایی استفاده کند که در واقع با توجه به مشکلات موجود در سازگاری نبوده که این موضوع و افزایش بی رویه مصرف کود سبب ایجاد مشکلات و اثرات زیان بار بر سلامت انسان و محیط زیست خواهد شد .
با توجه به افزایش کشت گوجه فرنگی در گلخانه ، می توان تولید آن را در گلخانه بهینه کرد و با توجه به تولید محصول بدون استفاده از سم و یا در حد مجاز ، کیفیت و ایمنی محصول را افزایش داد . ُ
